พากย์ไทย
การหวนกับมาพบกันอีกครั้งของเคนชิน และไซโต ฮาจิเมะ อดีตหัวหน้าหน่วยชินเซ็น กอง 3 ซึ่งปัจจุบันได้ทำหน้าที่ตำรวจสันติบาล ไซโตซึ่งมีหน้าที่เป็นสายสืบให้กับรัฐบาลกลางกำลังสืบสวนเรื่องของอดีตมือสังหารของคณะปฏิวัติอีกคนหนึ่ง ชิชิโอ มาโคโตะ ซึ่งคาดว่ากำลังเตรียมแผนก่อการปฏิวัติอยู่ จากเหตุการณ์การสังหาร โอคุโบ โทชิมิจิ เสนาบดีฝ่ายมหาดไทยโดยเซตะ โซจิโร่ สมุนของชิชิโอ ทำให้เคนชินไม่อาจอยู่เฉยได้ เขาจึงเดินทางยังเกียวโตเพื่อยับยั้งแผนการปฏิวัติของชิชิโอ ขณะเดียวกันชิชิโอก็เรียกกองกำลังจุปปงคาตานะ ซึ่งเป็นยอดฝีมือพิเศษ 10 คนของตัวเองออกมารับมือกับเคนชินด้วย ทางด้านซาโนสุเกะก็ได้ออกติดตามเคนชินมาที่เกียวโตเพื่อช่วยเหลือเคนชินอีก แรง ขณะที่ยาฮิโกะกับคาโอรุก็เดินทางมาหาเคนชินเช่นกัน ระหว่างการเดินทางเคนชินพบกับ มากิมาจิ มิซาโอะ สาวน้อยแห่งโอนิวาบัง และด้วยความช่วยเหลือของกลุ่มโอนิวาบังทำให้พวกของเคนชินสามารถป้องกันแผนเผากรุงเกียวโตเพื่อก่อความวุ่นวาย ในขณะที่ตัวชิชิโอและผู้ใกล้ชิดเตรียมนำเรือดำ "เรนโกกุ" เข้าอ่าวโตเกียวเพื่อสร้างความวุ่นวาย แต่ในที่สุดเรือเรนโกกุ ก็ถูกระเบิดมือของซาโนสุเกะทำลายเสียหายจนต้องเลิกล้มแผนการบุกยึดอ่าวโตเกียวไป ชิชิโอพร้อมทั้งจุปปงคาตานะทั้งหมดจึงย้อนกลับไปที่ฐานของตัวเองพร้อมกับท้าให้เคนชินตามไป การต่อสู้ครั้งสุดท้ายของเคนชินและชิชิโอ เดิมพันด้วยชะตากรรมของรัฐบาลญี่ปุ่น
หลังเสร็จศึกกับชิชิโอ เคนชินกับพรรคพวกก็สามารถอยู่ได้อย่างสงบซักระยะ แต่แล้วเงาแห่ง การต่อสู้ก็เริ่มขึ้นอีกครั้งเมื่อกลุ่มคนที่เคยมีความแค้นต่อเคนชิน 6 คนรวมต่อกันเพื่อล้างแค้นกับเคนชิน และ 1 ในจำนวนคนเหล่านั้นก็คือ ยูกิชิโร่ เอนิชิ ผู้เป็นน้องชายของ ยูกิชิโร่ โทโมเอะ ภรรยาที่ ล่วงลับไปแล้วของเคนชินเอง เอนิชิมีความฝังใจว่าเคนชินเป็นผู้แย่งความสุขไปจากพี่สาวของเขาอีกทั้งยัง พรากชีวิตของพี่สาวเขาอีก เขาจึงทำทุกวิถีทางเพื่อทำให้เคนชินทุกข์ใจ โดยเริ่มจากการทำร้ายคนรอบข้างของเคนชิน จนถึงการเข้าโจมตีโรงฝึกคามิยะ เคนชินและพวกสามารถจัดการกับพวกของเอนิชิได้จนหมด แต่หลังจากหมอกควันที่หนาทึบจางลง ทุกคนก็พบว่าคาโอรุถูกดาบปักอกสิ้นใจไปเสียแล้ว เคนชินถึงกับหมดอาลัยตายยากจากเหตุการณ์ครั้งนี้ เขาทอดทิ้งทุกสิ่งไปอาศัยอยู่ที่หมู่บ้านคนไร้ราก
แม้ซาโนสุเกะและยาฮิโกะจะมาอ้อนวอนเพื่อให้กลับไปแก้แค้นเอนิชิยังไง เขาก็ไม่มีปฏิกิริยาตอบสนอง ซาโนสุเกะเสียใจจนลาจากเคนชินไปอีกคน ขณะที่อาโอชิและมิซาโอะเดินทางมาโตเกียวเพื่อแจ้งข่าวเรื่องที่คาโอรุฝากให้ค้นหา อาโอชิเชื่อว่าคาโอรุยังไม่ตายจึงได้ทำการขุดศพของคาโอรุออกมา แล้วความจริงก็กระจ่างว่าศพนั้นเป็นเพียงแค่หุ่นกระบอกที่ทำได้อย่างแนบเนียนเท่านั้น อาโอชิและไซโต้จึงเริ่มออกสืบเพื่อหาแหล่งกบดานของเอนิชิ อีกด้านหนึ่งคุจิรานามิ เฮียวโก ผู้ที่มีความแค้นต่อเคนชินที่ตัดแขนขวาของเขาไปเมื่อครั้งสงครามปฏิวัติ ก็ได้แหกคุกออกมาอาละวาดไปทั่ว ยาฮิโกะพยายามออกรับหน้าเพื่อไม่ให้มีผู้คนต้องได้รับบาดเจ็บ สึบาเมะได้ไปอ้อนวอนขอให้เคนชินช่วยเหลือก่อนที่ยาฮิโกะจะเป็นอะไรไป เสียงร่ำร้องของความช่วยเหลือสะท้อนไปถึงก้นบึ้งให้จิตใจของเคนชิน ปลุกให้เขาลุกขึ้นมาสู้กับความจริงอีกครั้ง หลังจากที่ทุกคนกลับมารวมตัวโดยพร้อมเพรียงกันแล้ว เคนชินและพรรคพวกจึงออกเดินทางสู่เกาะที่เป็นฐานทัพของเอนิชิ การต่อสู้ครั้งสุดท้ายได้เริ่มขึ้นแล้ว